พื้นที่ในบางช่วงของเส้นทางเดิมที่วางไว้ มีการจราจรติดขัดอย่างหนัก
เช่น บริเวณสามแยกสนามบินภูเก็ต
ซึ่งถ้าหากมีการก่อสร้างรถไฟฟ้าที่กินเวลาหลายปี
อาจทำให้การจราจรในบริเวณนั้นๆ ยิ่งติดขัดมากขึ้น
พอเป็นแบบนี้ รฟม. จึงต้องปรับแก้แบบการก่อสร้างโครงการใหม่
โดยการปรับเส้นทาง สร้างสถานียกระดับ และสร้างอุโมงค์ในบางจุด
เพื่อหลีกเลี่ยงพื้นที่ก่อสร้าง ที่จะทำให้การจราจรติดขัด
ซึ่งทำให้มีต้นทุนการก่อสร้างเพิ่มขึ้นจากเดิมประมาณ 1,500-2,000 ล้านบาท