ด้วยความที่เป็นธุรกิจขนาดกลางและขนาดย่อม ทำให้หลายครั้ง SMEs มักมีข้อจำกัดต่าง ๆ เช่น
- การเข้าถึงเงินทุนและขาดแคลนเงินสนับสนุน
- ปัญหาในเรื่องของการบริหารจัดการ ขาดความโปร่งใส และการกำกับดูแลกิจการที่ดี
- ปัญหาการจัดทำระบบบัญชี
- การขาดแคลนแรงงานที่มีทักษะสูง
- การเข้าถึงเทคโนโลยีขั้นสูง