แต่บางทีช่วงเวลาที่รู้จักกันดีที่สุดในประวัติศาสตร์ Dead Sea ในสมัยโบราณก็คือเมื่อกลุ่มชาวยิวกลุ่มเล็กๆ หนีไปที่ Masada (ป้อมปราการที่สร้างโดยกษัตริย์เฮโรดมหาราชบนเนินเขาที่มองเห็นทะเลเดดซี) หลังจากการล่มสลายของวิหารที่สอง ในปี ค.ศ. 70 ใน 73 AD พวกเขาถูกล้อมโดย Roman X Legion และแทนที่จะยอมจำนน พวกเขาเลือกที่จะตายด้วยการฆ่าตัวตายหมู่
ในช่วงไบแซนไทน์ พระภิกษุกรีกออร์โธดอกซ์ก็เข้ามาลี้ภัยในบริเวณนี้เช่นกัน พวกเขาสร้างอารามหลายแห่งในบริเวณใกล้เคียงกับทะเลเดดซี: อารามเซนต์จอร์จใน Wadi Kelt เป็นหนึ่งในนั้น
ผู้ค้นพบครั้งแรกของพวกเขาคือคนเลี้ยงแกะชาวเบดูอินสามคน Muhammed edh-Dhib, Jum'a Muhammed และ Khalil Musa ในปี 1946-47 ในปี ค.ศ. 1951-56 ถ้ำเหล่านี้ถูกขุดขึ้นมาโดยทีมงานจาก ASOR (the American School of Oriental Research) และพบม้วนหนังสืออีกหลายเล่ม