แม้จะอายุมากขึ้น แต่อัปไดก์ยังคงสร้างสรรค์ผลงานอย่างต่อเนื่องและมีความอยากรู้อยากเห็นไม่เสื่อมคลาย ในช่วงบั้นปลายชีวิตเขาได้ทดลองเขียนเรื่องราวที่หลากหลาย ทั้งนวนิยายเกี่ยวกับเผด็จการในแอฟริกา The Coup (1978) โลกอนาคตหลังวันสิ้นโลก Toward the End of Time (1997) และภาคก่อนของบทละครแฮมเล็ต Gertrude and Claudius (2000) รวมถึงผลงานอื่น ๆ อีกมากมาย เขาเสียชีวิตลง ณ สถานบริบาลผู้ป่วยระยะสุดท้ายในรัฐแมสซาชูเซตส์ หลังจากต่อสู้กับโรคมะเร็งปอด