#ภายในพิพิธภัณฑ์ สามารถเรียนรู้ในส่วนต่างๆได้ตามนี้ค่ะ
• ห้องศิริราชขัตติยพิมาน น้อมรำลึกถึงพระมหากรุณาธิคุณและพระเมตตาคุณของพระมหากษัตริย์ และพระบรมวงศานุวงศ์ชั้นผู้ใหญ่ที่มีต่อโรงพยาบาล ศิริราชและการแพทย์ของประเทศไทยมายาวนาน
• ห้องสถานพิมุขมงคลเขต ถ่ายทอดพระราชประวัติกรมพระราชวังบวรสถานพิมุข ผ่านจิตรกรรมไทยแบบประเพณี
• ห้องผ่าตัดจำลอง ที่มีอุปกรณ์ในการผ่าตัดต่างๆมากมายให้เด็กๆได้เรียนรู้
• โต๊ะอาจารย์ใหญ่ ตรงนี้คิดว่าร้อยแก้วจะกลัวแต่ก็ไม่ ค่อยๆเรียนรู้ ทุกๆอย่างที่โต๊ะอย่างตั้งใจ
• ห้องการแพทย์ด้านอื่นๆของไทย เช่นการวัดสายตา โต๊ะคุณหมอและอุปกรณ์การแพทย์ในอดีต
• หุ่นกายวิภาคมนุษย์ หุ่นจำลองที่ทำจาก เยื่อกระดาษอายุเกือบร้อยปีนี้เป็นประจักษ์ พยานของความก้าวหน้าในวิชาแพทย์สมัย นั้น
• ร้านโอสถวัฒนา ที่รวบรวมสมุนไพรไทยหลายร้อยชนิด สรรพคุณยาไทยในร้านขายยาโบราณ พร้อม เครื่องมือ อุปกรณ์หลากหลาย พัฒนามาเป็น การผลิตยาด้วยเทคนิคที่ทันสมัย ห้องเวชภัณฑ์ ยาแผนไทย ยาแผนโบราณต่างๆ
• ห้องทำคลอดและอยู่ไฟสมัยโบราณ รวมถึงพัฒนาการ 9 เดือนของอายุครรภ์
• มีห้องฉายภาพยนตร์ 4 มิติที่แสดงประวัติสถานีรถไฟธนบุรีก่อนจะเปลี่ยนมาเป็นพิพิธภัณฑ์ศิริราชพิมุขสถานแห่งนี้
• ห้องแสดงเรือไม้โบราณลำใหญ่ที่มีการขุดพบที่บริเวณนี้มี ยาวถึง 24 เมตร ถูกฝังกลบมากว่า 100 ปี ถือเป็นเรือไม้ลำ ใหญ่ที่สุดของประเทศเท่าที่เคยขุดค้นได้ เป็นหนึ่งในมรดกทางวัฒนธรรมอันล้ำค่า ของประเทศไทย
• โรงแสดงหุ่นกระบอก
• ห้องแสดงวิถีชุมชนชาวบางกอกน้อย ตั้งแต่สมัย อยุธยา ธนบุรี มาจนถึงรัตนสินทร์
• ห้องแสดงศาสตราวุธของกรมพระราชวังหลัง (ห้องนี้ห้ามถ่ายรูปนะคะ)