ในช่วงที่เขาอยู่ชานตงนั้นเอง เกิดกบฏนักมวย ต่อต้านต่างชาติขึ้น และยฺเหวียน ชื่อไข่ ปราบปรามกลุ่มนักมวยในชานตงราบคาบ แต่มิได้จัดการกบฏนอกพื้นที่ตนเองอย่างจริงจังสักเท่าใด นอกจากนี้ ในราชสำนัก เขายังเข้ากับกลุ่มหนุนฝรั่ง ซึ่งมีบุคคลหลัก คือ หลี่ หงจาง, หรงลู่, และชิ่งชินหวัง ยฺเหวียน ชื่อไข่ ปราบปรามกบฏนักมวย และไม่ปฏิบัติตามพระเสาวนีย์ของพระนางฉือสี่ที่ประกาศสงครามกับต่างชาติ ทหารของยฺเหวียน ชื่อไข่ ประหารผู้คนไปหลายหมื่นรายในการปราบกบฏที่จื๋อลี่ โดยบัญชาการอยู่ที่เป่าติ้ง การปราบกบฏของเขาเสร็จสิ้นใน ค.ศ. 1902