เมื่อขุดคลองลัดสำเร็จ เมืองบางกอกหรือเมืองธนบุรีจึงถือกำเนิดขึ้น ทางฝั่งตะวันตก หัวมุมคลองบางกอกใหญ่ กลายเป็นเมืองที่มีความสำคัญทางยุทธศาสตร์ และได้รับการยกฐานะขึ้น เป็นเมืองหน้าด่านทางทะเล ทำหน้าที่ป้องกันศัตรูที่จะเข้ามาทางใต้ของกรุงศรีอยุธยา พร้อมทั้งตรวจตราจัดเก็บภาษีสินค้าที่ผ่านเข้าออก โดยปรากฏชื่อครั้งแรกในพระราชพงศาวดาร ในสมัยสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ์ (พ.ศ. 2091 – 2111) ว่า “เมืองธนบุรีศรีมหาสมุทร” แต่โดยทั่วไปนิยมเรียกกันสั้นๆ เพียง “ธนบุรี” ส่วนชื่อ “เมืองบางกอก” นั้นคงเป็นชื่อสามัญ ที่ชาวบ้านและชาวต่างประเทศนิยมเรียก ดังปรากฏชื่อบางกอกในแผนที่และเอกสารของชาวต่างชาติ