โดยตำแหน่งบนโครโมโซมของข้าวนั้น มีอิทธิพลต่อลักษณะต่างๆของข้าว
เราเรียกตำแหน่งบนโครโมโซมเหล่านี้ว่า Quantitative trait loci (QTL)
•
เมื่อเราสามารถรู้ถึงจำนวน, ตำแหน่ง, อิทธิพล ของ QTL เราจะสามารถใช้ความรู้ทางพันธุศาสตร์ เพื่อพัฒนา ตัดแต่งสายพันธุ์ข้าวให้ตรงกับความต้องการได้แม่นยำขึ้น
•
อย่างเช่นการที่เรารู้ลักษณะและตำแหน่งของยีนที่ทำให้เกิดกลิ่นของข้าวหอมมะลิ (ซึ่งอยู่ในโครโมโซมตำแหน่งที่ 8) เราก็ใช้ประโยชน์ในการปรับปรุงกลิ่น (aroma) ของข้าว