ไข่ของสัตว์เลื้อยคลานยังแบ่งออกได้ 2 ประเภทตามลักษณะของเปลือกไข่อีกด้วย ดังนี้
- ไข่เปลือกนิ่ม ได้แก่ กิ้งก่าส่วนมาก , งู , ทัวทาร่า (Tuatara) และเต่าทะเล เป็นต้น
- ไข่เปลือกแข็ง ได้แก่ เต่าส่วนมาก , จระเข้และอัลลิเกเตอร์ , ตะโขง และกิ้งก่าวงศ์ตุ๊กแกบางชนิด เป็นต้น