ชนชั้นทหารเป็นผู้บริหารหลัก ซึ่งจะมี "โซกุน" เป็นผู้สำเร็จราชการ และ "ซามูไร" เป็นขุนนางประเภทนายทหารคอยรับใช้และรับคำสั่งในการจัดการต่างๆ จากโซกุน โดยยุคสมัยนี้มีชื่อว่า "ยุคคามาคุระ" ทว่า แทนที่แผ่นดินจะสงบเรียบร้อยกลับไม่เป็น
ดังที่หวัง เพราะเพียงจุดเริ่มต้นของระบอบโชกุนนั้น ก็เปิดฉากด้วยศึกสายเลือดขึ้นเสียแล้ว เพราะจากความสำเร็จอันยิ่งใหญ่ที่โยชิซีเนะโค่นล้มตระกูลไทระได้ ทำให้
พี่ชายของเขา "มินาโมโตะ โยริโทโมะ" ที่อยู่แนวหลังมาตลอดนั้น รู้สึกไม่ไว้วางใจ และหวาดกลัวที่จะถูกน้องชายตนเองกุมอำนาจไปจนหมดสิ้น อีกทั้งยังได้แรงสนับสนุนจากอดีตองค์จักรพรรดิที่เคยถูกตระกูลไทระปลดไปก่อนหน้า ให้โยริโทโมะเข้ากุมอำนาจสูงสุดในตระกูล
จากการกวาดล้างขั้วอำนาจของน้องชายตนเองของโยริโทโมะนั้น ก็จบลงด้วยความตายของวีรบุรุษ โยชิซีเนะ และการขึ้นเป็นรัฐบาลโซกุนยุคคามาคุระอย่าง
เป็นทางการของมินาโมโตะ โยริโทโมะ ในปี ค.ศ.1192นั่นเอง
เมื่อขึ้นสู่อำนาจด้วยเลือด การสืบอำนาจก็ยังคง
นองเลือดต่อไป ไม่ว่าจะเป็นกลุ่มอำนาจเก่าที่ไม่ยอมรับ
กับระบบใหม่ หรือการที่มอบอำนาจการปกครองแคว้น ต่างๆ ให้กับผู้นำทางทหารอย่างชามูไรนั้น ก่อให้เกิดสู้รบแย่งชิงดินแดนกันอยู่บ่อยครั้ง แม้กระทั่งโซกน
ตระกูลมินาโมโตะเองก็ยังถูกซามูไรตระกูลอื่นโค่นล้มชิงอำนาจเช่นเดียวกันโดยตระกูลของพ่อตาของโยริโทโมะอย่าง "ตระกูลโฮโจ" อีกด้วยทว่า ในช่วงคริสตศักราชที่ 1300 นั้น กองกำลัง
ที่นำโดยองค์พระจักรพรรดิโกไดโกะ ก็เข้าปราบปรามอำนาจโชกุนตระกูลโฮโจ ควบคุมความสงบของประเทศได้อีกครั้ง