อาการปวดท้องที่เกิดขึ้นจากโรคแผลในกระเพาะอาหาร มาจากการที่เชื้อแบคทีเรียอาศัยอยู่บริเวณเยื่อบุอาหาร เมื่อมีจำนวนมากอาจกระตุ้นให้เกิดอาการอักเสบเรื้อรัง และทำให้กระเพาะอาหารหลั่งกรดมากขึ้น เมื่อกระเพาะอักเสบเรื้อรังนาน ผิวกระเพาะอาหารเริ่มฝ่อ ความแข็งแรงของผิวเยื่อบุลดลง ส่งผลให้กระเพาะอาหารอักเสบเรื้อรังหรือเกิดแผลในกระเพาะอาหารหรือในลำไส้เล็ก จนทำให้เกิดอาการปวดท้องได้