ปัจจัยที่ก่อให้เกิดความรุนแรงในพื้นที่สามจังหวัดชายแดนใต้มาจากหลากหลายเหตุปัจจัย ทั้งในเชิงประวัติศาสตร์ เชิงรัฐศาสตร์ เชิงศาสนา รวมถึงหลายปัจจัยสิ่งแวดล้อมที่เกิดขึ้นจากสังคม พลังสำนึกร่วมในประวัติศาสตร์ปัตตานีเป็นปัจจัยปลุกเร้าให้มวลชนเชื้อสายมลายูเข้าร่วมในกลุ่มขบวนการแบ่งแยกดินแดน และสิ่งที่เป็นพลังของความสำนึกร่วมนั้นก็คือ การนับถือศาสนาอิสลลามเหมือนกัน อันเป็นปัจจัยที่ทำให้มวลชนในพื้นที่มีความสัมพันธ์กันอย่างเหนียวแน่นภายใต้ความเป็นพี่น้องมุสลิมเหมือนกัน และปัจจุบันเราจะเห็นฝ่ายกลุ่มขบวนการปลุกเร้าสำนึกรวมพลังผ่านสื่อโซเชียล โดยใช้ประวัติศาสตร์เป็นตัวชูโรง
.
อีกเหตุผลหนึ่งมองว่า ศาสนาอิสลามมีอิทธิพลต่อมวลชนไม่น้อยไปกว่าสำนึกร่วมทางประวัติศาสตร์นั้นก็คือ หลากหลายเหตุผลที่ขบวนการแบ่งแยกดินแดนอ้างเป็นเหตุผลในการก่อการนั้นก็คือเพื่อที่จะได้มาซึ่งเอกราชของคนมลายูมุสลิมปาตานีและการประกาศใช้ชารีอะห์ (กฎหมายอิสลาม) ในรัฐแห่งนี้ ฉะนั้น จึงสามารถจะสรุปได้ว่า ศาสนาอิสลามเกี่ยวข้องกันอย่างเหนียวแน่นกับ วิถีชีวิตของประชาชนในพื้นที่ และศาสนาอิสลามเช่นกันที่มีอิทธิพลต่อวิธีคิดและวิถีชีวิตของประชาชนมายาวนานตั้งแต่สมัยยังมีรัฐปัตตานีอยู่ นอกจากนี้มุมมองของมุสลิมบางกลุ่มยังมีทัศนคติว่า รัฐบาลสยามอันเป็นสัญลักษณ์ของศาสนาพุทธนั้นได้พยายามเพื่อที่จะเข้าครอบงำทำลายระบบอิสลามในพื้นที่ ดังที่ ดาโต๊ะ อิหม่ามพัฒนา หลังปูเต๊ะ กล่าวว่า
.
“ปัญหานี้เป็นความขัดแย้งที่สั่งสมมานาน เป็นความขัดแย้งที่กินลึกในระดับจิตวิญญาณมายาวนานและคงทนมากที่สุด อันเนื่องมาจากการขยายอำนาจรัฐของฝ่ายพุทธเพื่อเข้าไปบีบบังคับครอบงำให้ชาวมุสลิมต้องจำยอมการอยู่ใต้อำนาจรัฐ และถูกบังคับให้เป็นพลเมืองของรัฐมากกว่าเป็นชาวมุสลิม”
.
จากเหตุผลที่แสดงมานั้นจึงทำให้ดูประหนึ่งว่า ฝ่ายศาสนาพุทธได้ไปกดขี่ข่มเหงฝ่ายศาสนาอิสลามให้ได้รับความลำบาก และฝ่ายศาสนาพุทธเป็นผู้ที่พยายามทำลายศาสนาอิสลามให้หมดไปจากพื้นที่ ซึ่งความคิดในลักษณะดังกล่าวมีในศาสนาพุทธจริงหรือไม่ ศาสนาพุทธมีหลักคำสอนที่เอื้อให้ปฏิบัติเช่นนั้นต่อบุคคลต่างศาสนาจริงหรือไม่ จึงควรที่จะศึกษาให้ถ่องแท้เพื่อที่จะนำมาตอบปัญหาของชาวมุสลิมที่มีความคิดเช่นนี้ได้
.
ในทางกลับกันชาวไทยพุทธเองก็มีทัศนคติที่ไม่ดีต่อมุสลิมใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ เช่นกัน เนื่องจากภาพที่ปรากฏแก่สื่อมวลชนนั้นก็คือ ภาพของความรุนแรงจากการวางระเบิด การฆ่าและทำร้ายเจ้าหน้าที่และประชาชน การลอบสังหารพระ การลอบสังหารครู การทำระเบิดพลีชีพ คาร์บอม เป็นต้น เป็นเหตุให้บาดเจ็บล้มตายเป็นจำนวนมาก แม้ว่าชาวไทยพุทธจะรู้ว่าเป็นฝีมือของขบวนการแบ่งแยกดินแดนก็ตาม แต่บุคคลที่อยู่ในขบวนการนี้ที่ได้ถูกจับกุมไปนั้นบางส่วนก็เป็นผู้ที่เป็นครูและนักเรียนของโรงเรียนปอเนาะ หรือ โรงเรียนเอกชนสอนศาสนาอิสลาม รวมถึงการได้รับรู้คำสอนของอิสลามในเรื่องการทำสงครามศักดิ์สิทธิ์เพื่อปกป้องศาสนาอิสลาม และการสอนว่า การสละชีวิต หรือ พลีชีพเพื่อศาสนาเป็นสิ่งที่ได้บุญกุศลมาก จะได้ไปสวรรค์ ได้รับใช้อัลลอฮฺ จึงกลายเป็นภาพลักษณ์ในทางที่ไม่ดีที่คนในสังคมไทยมองในแง่ที่ไม่ดีต่อศาสนาอิสลาม
.
ซึ่งความจริงแล้วมิไม่ได้เป็นเช่นนั้น หลักฐานแห่งบทบัญญัติขั้นเด็ดขาดที่สุดของอิสลามก็คือ คัมภีร์กุรอาน แต่มิใช่ว่าทุกคนที่อ่านจะเข้าใจได้ถูกต้องทั้งหมด เพราะหลักการทางศาสนาขั้นละเอียดอ่อนนั้น ต้องเป็นผู้ที่มีความเข้าใจในกุรอานอย่างแท้จริงเท่านั้น จึงจะรับรู้และเข้าใจเจตนาแห่งคำสอนนั้น ๆ ได้ หากไม่เข้าใจแต่เอาแค่ข้อความมาตีความกันเองแล้วก้จะพบว่า มีพฤติกรรมไม่ต่างจากพวกที่ก่อความรุนแรง หรือพวกคลั่งศาสนาในปัจจุบัน
.
ด้วยเหตุนี้กลุ่มขบวนการแบ่งแยกดินแดนได้นำคำสอนบางประการมาบิดเบือน ทำให้เกิดการตีความไปในทางที่ผิด จนเกิดความเข้าใจผิด และที่สำคัญกลุ่มแนวร่วมขบวนการได้ใช้วิธีปลุกเร้าผ่านสื่อโซเชียล ซึ่งถือว่าเป็นระเบิดเวลารอวันที่จะปะทุระเบิดความสำนึกร่วมในความเป็นพวกพ้อง แต่อยู่เหนือความถูกต้อง และเป็นสาเหตุของการอ้างความชอบธรรมในการก่อความไม่สงบแบ่งแยกดินแดนกลายเป็นปัญหาที่แก้ไม่จบในปัจจุบัน