ฆัวนาและเฟลิเป มีลูกด้วยกันทั้งหมด 6 คน หนึ่งในคนสำคัญ คือโอรสและองค์รัชทายาทนามว่า การ์โลส (Carlos หรือ Charles V ในภาษาอังกฤษ) ซึ่งตอนนี้อาศัยอยู่ที่บ้านเกิดของพระบิดาเฟลิเปใน Flanders
หลังจากที่เฟร์นันโดได้สวรรคตลงในปี ค.ศ. 1516 การ์โลสได้หวนคืนราชสำนักสเปนอีกครั้ง หลังจากห่างหายไปนับสิบปี ท้ายที่สุดได้ขึ้นครองราชย์แทนพระมารดาฆัวนา เป็นพระเจ้าการ์โลส (ภายหลังพระองค์ได้ขึ้นเป็นพระจักรพรรดิแห่งโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ the Holy Roman Emperor)
Carlos or Charles V (The Holy Roman Emperor) Credit: https://en.wikiquote.org/wiki/Charles_V,_Holy_Roman_Emperor
เมื่อพระเจ้าการ์โลส (Carlos or Charles V) ได้ขึ้นครองราชย์ พระองค์ก็ไม่ได้ปล่อยให้ฆัวนาพระมารดาเป็นอิสระแต่อย่างใด รวมถึงไม่ได้แก้ต่างเรื่องความวิปลาสของพระนางด้วย