นอกจากนี้ ไฮโดรเจนยังเป็นแหล่งพลังงานสะอาด ไม่มีการปล่อยก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์ และมีความหนาแน่นของพลังงานมากกว่าน้ำมันเบนซินถึง 3 เท่าโดยน้ำหนัก ตามข้อมูลของกระทรวงพลังงานของสหรัฐอเมริกา (United States Department of Energy) ข้อดีอีกหนึ่งข้อของรถยนต์พลังงานไฮโดรเจนคือไม่จำเป็นต้องชาร์จไฟเหมือนรถยนต์ไฟฟ้าจากแบตเตอรี่