หลักๆ รถไฟข้ามจังหวัดจะเป็นของ JR (Japan Railways Group) รวมถึงชินคันเซ็นด้วย ทำให้หลายๆ คนที่มาญี่ปุ่นแล้วใช้ JR Pass สามารถนั่งได้ทั้งรถไฟปกติและชินคันเซ็น ซึ่งบริษัท JR เป็นกลุ่มบริษัทที่แบ่งการบริหารให้บริษัทลูกตามภูมิภาคเช่น JR East, JR West, JR Central ทำให้บางที JR Pass บางประเภทก็ครอบคลุมแค่เฉพาะภูมิภาคนั้นๆ