หลังเหตุการณ์หายนะ "Second Impact" โลกได้เปลี่ยนแปลงไปอย่างสิ้นเชิง และอีก 15 ปีต่อมา มนุษยชาติก็ต้องเผชิญกับการโจมตีจาก "เทวทูต" (Angels) สิ่งมีชีวิตปริศนาที่มีพลังมหาศาล เพื่อรับมือกับการคุกคามนี้ องค์การพิเศษ NERV จึงถูกจัดตั้งขึ้น พร้อมกับอาวุธลับสุดยอด: "เอวาเกเลียน" (Evangelion) หุ่นยนต์ชีวภาพที่สามารถควบคุมได้โดยเด็กวัยรุ่นที่ผ่านการคัดเลือกเท่านั้น เรื่องราวจะมุ่งเน้นไปที่การต่อสู้ของหน่วย NERV และนักบินเอวาที่ต้องเผชิญหน้ากับเทวทูตที่มาในรูปแบบและพลังที่หลากหลาย