ผลจากสงครามนี้ ไทยต้องลงนามในสนธิสัญญาที่บังคับให้สยามชดใช้ค่าเสียหาย 3 ล้านฟรังก์ (ราว 1.56 ล้านบาทในสมัยนั้น) และยอมสละดินแดนฝั่งซ้ายแม่น้ำโขงรวมกว่า 143,000 ตารางกิโลเมตร พร้อมทั้งถูกฝรั่งเศสยึดเมืองจันทบุรีไว้นานกว่า 10 ปี จนกว่าจะชำระค่าเสียหายครบถ้วน