นักวิชาการหลายๆ ท่านก็ขนานนามพระองค์เป็นมหาราชด้วย เพราะในยุคเมจิคือยุคที่มีการฟื้นฟูอำนาจของจักรพรรดิขึ้นมาอีกครั้ง หลังจากที่จักรพรรดิเปรียบเสมือนสัญลักษณ์ภายใต้ระบอบโชกุน (ผู้บัญชาการทหารสูงสุด) จริงๆ แล้วเป็นคำย่อของคำว่า เซอิไทโชกุน ซึ่งแปลว่าผู้นำกองกำลังที่ยิ่งใหญ่ในการสู้รบเพื่อปราบปรามอนารยชน
ซึ่งโชกุนในตระกูลโทกุงาวะที่มีต้นวงศ์คือ โทกุงาวะ อิเอยาสุ ได้เป็นผู้สถาปนาระบบนี้ขึ้นมาภายหลังจากการรบชนะสงครามเซกิงาฮาระในปี 1600 ซึ่งนับเป็นมหาสงครามที่ทำให้เกิดการรวบรวมก๊กเหล่าต่างๆ ของประเทศญี่ปุ่นเข้ามาอยู่ภายใต้การควบคุมของโชกุนได้สำเร็จ
ระบบโชกุนเปรียบได้กับระบบฟิวดัล หรือระบบศักดินาสวามิภักดิ์ (Feudalism) ในยุคกลางของทวีปยุโรป ที่จะมีไดเมียว (เจ้าเมือง) หลายตระกูลทำหน้าที่เป็นเจ้าผู้ครองที่ดินและทรัพยากรต่างๆ รวมทั้งประชาชนที่เป็นเกษตรกรที่ทำการเกษตรและแบ่งปันผลผลิตให้กับไดเมียว รวมทั้งเป็นกองกำลังของไดเมียว ที่ทั้งหมดต้องนำทั้งกองกำลังและผลผลิตต่างๆ มาสนับสนุนโชกุนที่เมืองเอโดะ ซึ่งเป็นเมืองศูนย์กลางอำนาจ เริ่มต้นยุคสมัยที่ถูกเรียกขานกันในนามเอโดะ ในขณะที่จักรพรรดิก็เป็นเพียงสัญลักษณ์ทางการปกครองที่ไม่มีอำนาจในการสั่งการและครองราชย์อยู่เกียวโต โดยระบบโชกุนเป็นระบอบในการปกครองญี่ปุ่นอยู่ถึงกว่า 268 ปี (1600-1868)
หลังจากการปกครองในระบอบโชกุนอย่างยาวนานมากกว่า 250 ปี ประเทศญี่ปุ่นที่สงบปราศจากสงครามจากนโยบายปิดประเทศ ไม่ติดต่อกับต่างชาติตามนโยบายซาโกกุ โดยอนุญาตให้ทำการค้าได้เฉพาะกับพ่อค้าชาวจีน และชาวฮอลันดา (บริษัท Dutch East India Company, Vereenigde Oostindische Compagnie หรือ VOC) ได้เพียงที่เมืองท่านางาซากิเท่านั้น ซามูไรที่ไม่ได้สู้รบ มีเกียรติยศ แต่ปราศจากความมั่งคั่ง ก็เริ่มต้นสร้างสายสัมพันธ์ผ่านการแต่งงานกับลูกสาวของพ่อค้า ซึ่งแน่นอนว่ามั่งคั่งแต่ไร้เกียรติ
ตระกูลพ่อค้าเหล่านี้กลายเป็นฐานกำลังสำคัญที่ไม่ได้สนับสนุนโชกุนที่ปิดประเทศอีกต่อไป หากแต่กลุ่มการค้าที่มั่งคั่งเหล่านี้ ซึ่งเรียกกันในภาษาญี่ปุ่นว่า ไซบัตสึ ต้องการผู้นำคนใหม่ที่จะสนับสนุนให้เกิดการเปิดประเทศ เปิดการปฏิรูป และนำพาประเทศไปสู่ความมั่งคั่งทางเศรษฐกิจ มิใช่ความแข็งแกร่งของกองทัพอีกต่อไป
อีกหนึ่งจุดเปลี่ยนที่สำคัญคือ กองเรือ Black Ship ซึ่งนำโดยกัปตันแมทธิว เพอร์รี แห่งสหรัฐอเมริกา ที่ยกกองกำลังเข้ามากดดัน แม้จะมีกำลังพลไม่มาก แต่อาวุธที่ทันสมัยกว่า และเหล่าซามูไรที่ว่างเว้นจากการทำศึก ก็ทำให้โชกุนต้องยอมเปิดการค้ากับต่างประเทศและลงนามในสนธิสัญญาที่ไม่เป็นธรรม (หลังจากนี้สหรัฐฯ จะกลายเป็นปัจจัยกดดันและเร่งให้ญี่ปุ่นต้องปรับตัวเปลี่ยนแปลงในอีกหลายเรื่องหลายวาระ ตลอดประวัติศาสตร์สมัยใหม่) แรงกดดันเหล่านี้ทำให้โชกุนคนสุดท้ายของตระกูลโทกุงาวะ นาม โยชิโนบุ จำต้องสละตำแหน่งและคืนอำนาจให้กับสมเด็จพระจักรพรรดิเมจิ