อีกสองปีต่อมาเขาได้ก่อตั้งองค์การผู้นำชนคริสเตียนแห่งชาติของภาคใต้ขึ้น ก่อนย้ายไปอยู่ที่เมืองแอตแลนตา ในปี ค.ศ.1960 (พ.ศ.2503) เขาถูกจับเข้าคุกอีกครั้งในฐานร่วมขบวนการประท้วงการแบ่งแยกผิว ซึ่งในช่วงนี้เป็นเวลาที่จอห์น เอฟ. เคนเนดี กำลังหาเสียงเลือกตั้งประธานาธิบดีแข่งกับ ริชาร์ด เอ็ม. นิกสัน
เคนเนดีให้ความสำคัญต่อคนดำมากและมั่นใจว่าจะใช้เป็นคะแนนเสียงของตน จึงประกันตัวมาร์ติน จูเนียร์
ออกมาจากคุก จากนั้นก็พิมพ์ใบปลิวเรื่องการช่วยเหลือครั้งนี้ถึงสองล้านแผ่นออกเผยแพร่ไปตามชุมชนคนดำทั่วประเทศ โดยที่นิกสันไม่ได้ให้ความสนใจเรื่องคนดำเลยและยังแสดงท่าที่เข้าข้างคนขาวที่ต้องการแบ่งแยกผิวด้วย