เมื่อไม่ได้ลงเล่นแต่มีไลเซนส์อยู่ในมือ คูเปอร์จึงตัดสินใจขอโอกาสจากสโมสรเร็กซ์แฮมให้เขาได้เข้ามาเป็นผู้ฝึกสอนทีมเยาวชนตั้งแต่ปี 1998 และแม้จะไม่ได้เป็นนักเตะของทีมตั้งแต่ปี 1999 เป็นต้นมาเร็กซ์แฮมก็ยังจ้างเขาต่อ ก่อนกลับมาทำทีมเต็มตัวหลังแขวนสตั๊ดในปี 2003 และเติบใหญ่จนกลายเป็นผู้อำนวยการทีมเยาวชน หรือถ้าใครเล่นเกม FM (Football Manager) ก็น่าจะเข้าใจกันในชื่อตำแหน่ง Head of Youth Development