ธงชาติฟิลิปปินส์ถูกพัฒนามาจากธงของกลุ่มกองกำลังปลดแอก “กาติปูนัน (Katipunan)” ซึ่งใช้ครั้งแรกในช่วงปี 1960 ซึ่งเป็นช่วงที่ฟิลิปปินส์ทำการปลดแอกจากสเปน โดยธงฟิลิปปินส์ในเวอร์ชั่นของกาติปูนันนั้นเป็นผืนธงผืนสีแดงล้วนมีตัวอักษร KKK สีขาวอยู่ตรงกลาง ซึ่งอย่ามาจาก “Kataastaasan, Kagalanggalangang Katipunan ng mga Anak ng Bayan” อันแปลว่า “Supreme and Honorable Association of the Children of the Nation”
นอกจากเวอร์ชั่นนี้แล้วธงของกลุ่มกาติปูนันยังมีอีกหลากหลายเว่อร์ชั่น ทั้งที่มีตัว K สีขาวตัวเดียวบนพื้นธงสีแดง และธงรูปพระอาทิตย์สีขาวบนพื้นธงสีแดงอันเป็นแรงบันดาลใจของสัญลักษณ์พระอาทิตย์บนธงชาติฟิลิปปินส์ในปัจจุบัน