ท้ายที่สุดปลายปี 1867 โชกุนโทคุงาวะ โยชิโนบุ (Tokugawa Yoshinobu) ไม่ต้องการให้ทั้งสองฝ่ายเสียเลือดเสียเนื้อไปมากกว่านี้ จึงตัดสินใจลาออกจากตำแหน่งโชกุน และถวายคืนพระราชอำนาจแก่จักรพรรดิเมจิ (Meiji) พระราชโอรสของจักรพรรดิโคเม รัฐบาลโชกุนเอโดะจึงสิ้นสุดลง จักรพรรดิเมจิและราชสำนักเสด็จมาประทับที่เมืองเอโดะที่ต่อมาจะเปลี่ยนชื่อเป็นโตเกียว