การดำเนินธุรกิจร้านยา ขย.1 ในปัจจุบันมีต้นทุนแฝงที่สูงกว่าในอดีตอย่างมาก การลงทุนเบื้องต้นสำหรับร้านยาขนาด 1-2 คูหา อาจสูงถึง 1,000,000 บาท หากต้องการให้ได้มาตรฐาน GPP ครบถ้วน รายละเอียดต้นทุนเหล่านี้ประกอบด้วยค่าตกแต่งร้าน (100,000 - 300,000 บาท) ค่ายาและเวชภัณฑ์เริ่มต้น (150,000 - 500,000 บาท) และค่าระบบ POS ที่จำเป็นต่อการทำบัญชียาตามกฎหมาย (10,000 - 30,000 บาท)