อัตราการเสียชีวิตของผู้ป่วยติดเชื้อไวรัสนิปาห์ถือว่าสูงมาก งานสรุปข้อมูลจากการระบาดในหลายประเทศระบุว่าอัตราป่วยตาย (case fatality rate) อยู่ในช่วงประมาณ 40–75% โดยขึ้นกับความสามารถของระบบสาธารณสุขและความเร็วในการเข้าถึงการรักษา หลายการศึกษาชี้ว่าอัตราการเสียชีวิตมักอยู่ในช่วง 50–70% ในหลายเหตุการณ์การระบาด และถูกจัดเป็นโรคติดต่ออันตรายที่ต้องเฝ้าระวังอย่างใกล้ชิด
ทำให้ไวรัสนิปาห์ถูกจัดอยู่ในรายชื่อเชื้อก่อโรคที่มีศักยภาพก่อการระบาดใหญ่ (priority pathogen) ในระดับนานาชาติ