ต่อมาเมื่อเกิดสงครามในบอสเนีย-โคโซโว เครื่องบินควบคุมและแจ้งเตือนภัยทางอากาศ E-3 ถูกใช้เพื่อสถาปนาเขตห้ามบินและสนับสนุนการโจมตีทางอากาศของกิงทัพอากาศชาติ NATO ในช่วงการแทรกแซงทางทหารของ NATO ในบอสเนีย E-3 สามารถการบินต่อไปได้โดยที่ระบบต่างๆในเครื่องไม่ได้รับผลกระทบจากการพยายามแจมมิ่งสัญญาณของศัตรู