พ.อ. ชัยชาญ หาญนาวี ถึงแก่กรรมเมื่อวันที่ ๔ กุมภาพันธ์ ๒๕๖๑ อายุ ๘๗ ปี ในงานศพของเขา ผู้ช่วยทูตฝ่ายทหารบกสหรัฐอเมริกาเป็นตัวแทนสถานเอกอัครราชทูตสหรัฐอเมริกาประจำประเทศไทย ไปร่วมพิธีสวดพระอภิธรรมศพ
ท่อนหนึ่งของจดหมายแสดงความเสียใจจาก เกล็น ที. เดวีส์ เอกอัครราชทูตสหรัฐอเมริกาประจำประเทศไทย ต่อครอบครัว พ.อ. ชัยชาญ หาญนาวี เขียนว่า “บิดาของคุณเป็นบุคคลที่พิเศษยิ่ง เป็นผู้รักชาติและเพื่อนแท้ของสหรัฐอเมริกา ความกล้าหาญและความเสียสละของเขาต่อคนอื่นท่ามกลางสถานการณ์แสนยากลำบากในเวียดนาม ย่อมเป็นตำนาน”