ประเทศมาเลเซียมีร่องรอยการอยู่อาศัยของมนุษย์มาตั้งแต่ยุคหินกลาง พบหลักฐานจากแหล่งโบราณคดีเล็งกอง (Lenggong) รัฐเปรัก เช่น ขวานหินอายุราว 1.83 ล้านปี โครงกระดูกมนุษย์ที่เก่าที่สุดที่พบในคาบสมุทรมลายูอายุ 11,000 ปี และภาพเขียนสีในถ้ำตัมบุน รวมทั้งกะโหลกศีรษะมนุษย์และเครื่องมือหินในถ้ำเนียะห์ รัฐซาราวัก อายุ 4,000 ปี มนุษย์ยุคก่อนประวัติศาสตร์กลุ่มนี้ดำรงชีพด้วยการล่าสัตว์และเก็บของป่า อาศัยเพิงผาถ้ำ น่าเชื่อว่าอพยพมาจากจีนตอนใต้ซึ่งกดดันกลุ่มคนที่อยู่มาก่อนถอยร่นขึ้นเขา